慢性前列腺炎一般都是由细菌感染引起的，即所谓的细菌性前列腺炎。但除细菌外，还能很多的致病微生物可以引起慢性前列腺炎。
在由细菌感染引起的慢性前列腺炎中，一般都能从病人的前列腺液中培养出细菌。其中最多见的为大肠杆菌。在国人中，金黄色葡萄球菌也不少见。其他少见的细菌有链球菌、沙门菌、假单胞菌及其他厌氧菌。近年来，由于性病增多，由淋球菌感染或支衣原体感染引起的前列腺炎也日渐增多。
除细菌性前列腺炎以外，一些前列腺炎患者的前列腺液中并不能培养出细菌，称为非细菌性前列腺炎。它可能是由沙眼衣原体、解脲支原体等致病微生物感染引起的，也可能是由于尿液返流，产生化学性炎症而引起的。
女性阴道中的滴虫等致病微生物可以通过性交感染男性尿道口，再逆行感染，引起滴虫性前列腺炎。真菌也可引起前列腺炎，这可能与女性阴道内的真菌有关；也可能是由于患者长期大剂量使用抗菌药物，导致菌群失调，免疫力下降，诱发了前列腺炎。
